Тәжікстан өзендері толып жатыр және негізінен Арал бассейніне жатады. Ал санаулы ғана Қаракөл көлінің немесе Тарима өзенінің суларына құяды.
Әмудария өзені
Әмудария арнасы бірден төрт елдің аумағынан өтеді - Ауғанстан, Тәжікстан, Өзбекстан және Түркіменстан. Арнаның жалпы ұзындығы 2400 шақырымды құрайды. Оның 1415 шақырымы ел аумағы арқылы өтеді. Әмударияның көзі екі өзеннің - Вахш пен Панждың қосылуынан пайда болады. Өзен сағасы - Арал теңізінің суы (түйіскен жерінде үлкен дельта құрайды).
Өзенге жақын салалар аз. Орташа алғанда, Әмудария Кафирниган, Сурхандария мен Шеребад суларын, сондай -ақ бір сол жақ саласы - Құндыз өзенін алады. Және одан әрі, қосылу орнына дейін, бұдан әрі салалар жоқ. Өзен суы белсенді қолданылады, сондықтан Әмудария Арал теңізіне жетпейді. Бұл оның құрғауының бір себебі болды.
Әмудария суларында балықтың әр түрлі түрлері кездеседі: асп; таз ер; арал сомы; қарақұмық; сабрефиш; күміс сазан; Ақ амур; жек көру
Ванж өзені
Өзендерінің бірі, арнасы тек Тәжікстан аумағында орналасқан. Бұл Пяндж өзенінің оң саласы. Өзеннің жалпы ұзындығы - 103 шақырым. Дерек көзі екі өзеннің қосылуынан пайда болады - біреуі Ванч жотасының мұздықтарынан, екіншісі Ғылым академиясының жотасынан (батыс беткей) түседі. Арна Ванч пен Дарваз жоталарының арасында өтеді.
Қашқадария өзені
Аумағы бойынша өзен өзені Тәжікстан (Соғды облысы) мен Өзбекстан (Қашқадария облысы) жерлері арқылы өтеді. Шартты түрде өзеннің үш атауы бар: жоғарғы ағысында - Обихунда; орта курс - Шыначасай; төменгі - Майманақадария.
Арнаның жалпы ұзындығы - 378 шақырым. Өзеннің көзі теңіз деңгейінен 2960 метр биіктікте орналасқан және атауы жоқ екі өзеннен құралған. Негізгі салалары: Ақдария (Ақсу); Танхидизадария; Гузардария
Муксу өзені
Арнаның жалпы ұзындығы - 88 шақырым. Муксу Тәжікстанның Джиргатал аймағында орналасқан. Дерек көзі - екі өзеннің қосылуы: Селдара мен Суксой (Федченко мен Үлкен Саудар мұздықтары).
Күзілсу өзені
Қызылсу, «қызыл өзен» дегенді білдіреді, Қырғызстан мен Тәжікстан аумағынан өтеді. Қайнар көзі-Алай жотасының беткейлері. Арнаның жалпы ұзындығы - 235 шақырым. Муксу өзенінің қосылуында Вахш өзенінің бастауын береді.
Вахш өзені
Өзен арнасының жалпы ұзындығы 786 шақырымды құрайды және олардың барлығы Тәжікстан аумағынан өтеді. Өзеннің қайнар көзі Памир беткейінде, бірақ оның Пяндж өзенінің суларымен қосылу орны ұлы Әмударияның пайда болуына әкеледі. Өзен суарудың және энергия өндірудің негізгі көзі болып табылады.
