Вологда аттас өзеннің оң жағалауында орналасқан, бұл бұл қаланы Сухона мен Шексна өзендерінің бассейндері арқылы Архангельскпен байланыстырған ежелгі су жолы.
Тарихи дереккөздерде алғаш рет қала XII ғасырда айтылды. XV ғасырда Вологданы Великий Новгород басқарды. 1462 жылдан бастап жиырма жыл бойы Вологда аппанаж князьдігінің орталығы болды, бірақ 1481 жылдан ол Мәскеу князьдігінің билігіне өтті, оның билеушісі сол кезде Иван III болды.
1565 жылы Иван Грозный Вологда өзінің екінші резиденциясын құруға шешім қабылдады. Ол мұнда тас Кремль мен бекініс салғысы келді. Мыңдаған қолөнершілер мен шаруалар Вологдаға айдалды, құрылысты ағылшын инженері Х. Локк басқарды. Жоспарда Кремль тіктөртбұрыш болды. Солтүстік жағында оны Вологда өзені қорғайтын, екі жағынан су құйылған шұңқыр қазылған. Бірақ 1571 жылы Қырым ханының шабуылы мен Вологдада басталған оба Иван IV -ті Мәскеуге оралуға мәжбүр етті. Патшаның кетуімен құрылыс тоқтады.
Қатты қорғаныс болмағандықтан, Вологда 1612 жылы поляк-литва армиясының шабуылынан қатты зардап шекті. Бірақ қала тез қалпына келтірілді, тіпті бұрынғы көлемінен де асып түсті. XVII ғасырдың аяғында Вологда қаласының тарихи орталығы төрт бөліктен тұрды: Қала, Верхний Посад, Нижний Посад және Заречье. Алайда, 18 ғасырдың басында Санкт -Петербургтің құрылуына және Балтық теңізіндегі сауданың дамуына байланысты Вологданың экономикалық жағдайы біршама әлсіреді.
1708 жылы Вологда Архангельск облысына қосылды. Бірақ қазірдің өзінде 1719 жылы қала Вологда губерниясының орталығы болды, ал 1796 жылы - 1929 жылға дейін болған Вологда губерниясының орталығы болды.
19 ғасырда қала көптеген зиялы қауым өкілдерінің саяси жер аудару орнына айналды. 1918 жылы Вологда 5 ай бойы Ресейдің «дипломатиялық астанасы» рөлін атқарды. Брест бейбіт келісімшарты жасалғаннан кейін мұнда 11 ірі мемлекеттің елшіліктері мен миссиялары уақытша қоныс аударды, атап айтқанда: АҚШ, Ұлыбритания, Франция, Жапония, Қытай, Бразилия және т.б.
Қазір Вологда - ресейліктер де, шетелдік туристер де баратын танымал туристік орталық.
